1967 год 12 января
Зачислена в списки кораблей ВМФ. Экипаж после формирования и стажировки временно подчинен 39-й ОБрСРПЛ ЛенВМБ;

1968 год 28 июня
Заложена на эллинге Ново-Адмиралтейского ССЗ в г.Ленинград как большая подводная лодка;

1968 год 7 октября
Спущена на воду;

1968 год осень
Переведена по внутренним водным системам в г.Северодвинск для прохождения сдаточных испытаний;

1968 год 24 ноября
Поднят военно-морской флаг СССР;

1968 год 25 декабря
Вступление в строй ВМФ СССР;

1969 год 8 января
Вошла в состав Северного флота. Зачислена в состав 96-й БрПЛ 4-й ЭскПЛ КСФ с базированием на г.Полярный;

1969 год 14 июня - 23 сентября
Выполнила задачи БС в Северо-восточной Атлантике. Участвовала в первом походе ВМФ СССР на Кубу в составе отряда кораблей с трех флотов - Черноморского (РКР проекта 58 "Грозный", БПК проекта 61 "Сообразительный", БРК проекта 56Э "Бедовый", танкер "Карл Маркс"), Северного (плавбаза проркта 1686 "Тобол", 2 ДЭПЛ проекта 641 Б-400 и Б-413) и Балтийского (танкер "Лена"), кроме того, с отрядом действовали ПЛАРК проекта 670 и АПЛ проекта 627А К-159 Северного флота. Руководить походом поручили командиру 30-й ДиНК ЧФ контр-адмиралу Степану Степанычу Соколану. На время похода планировалось много встреч, посещений корабля, в том числе и визит Фиделя Кастро и его соратников. В Атлантике отряды встретились и провели ракетные стрельбы, затем выполнили демонстративный поход вдоль американского побережья до Канады и обратно. В Мексиканский залив дизельные подводные лодки было принято проводить скрытно, через Флоридский пролив одна ПЛ шла под плавбазой, а вторая - под крейсером. После того как наши корабли встали на якорях в самой середине Мексиканского залива их буквально оцепили вертолеты США с телерепортерами, на все лады комментирующие заход советских кораблей в полигоны боевой подготовки ВМС США. А когда на следующий день по приказу ПЛ всплыли в надводное положение, американские телерепортеры были в шоке. Такая реакция позволила сделать вывод, что скрытный проход подводных лодок удался. После демонстрации флага, отряд приступил к основной цели задания - визиту на Кубу. 20.07.1969г. в 10 часов утра отряд в кильватерной колонне: РКР "Грозный" (бортовой 859), БПК "Сообразительный" (бортовой 524), БРК "Бедовый" (бортовой 365), плавбаза "Тобол", ПЛ Б-400, ПЛ Б-413 и танкер "Лена" - вошли в порт Гавана (Куба). АПЛ К-159 и ПЛАРК, сопровождавшие отряд, остались в нейтральных водах и не входили в кубинский порт. Сотни тысяч кубинцев вышли встречать советские корабли. С визитами на кораблях побывали высшие должностные лица страны: премьер-министр Фидель Кастро, президент Освальдо Дортикос, министр ВС Рауль Кастро Рус, он среди прочего побывал и на ПЛ Б-400, командующий ВМС Альдо Санта-Мария. За время визита кроме различных мероприятий было проведено и совместное учение кубинского флота и наших кораблей с выходом в море. 27.07.1969г. отряд покинул порт г.Гавана. Нанесла деловой визит в порт Конакри (Гвинейская республика);

1970 год 7 апреля - 6 октября
Выполнила задачи БС (командир - кап.2р. Трусов А.Н.) в Северо-восточной Атлантике. С 8.4 по 2.5 участвовала в маневрах ВМФ СССР "Океан". 13.4 участвовала в спасательной операции по оказанию помощи АПЛ К-8. С 14.5 по 27.5, после завершения маневров, в составе отряда кораблей ВМФ СССР (под командованием контр-адмирала Я.М. Куделькина), совершила заход в кубинский порт Сьенфуэгос. В состав отряда входили БПК "Вице-адмирал Дрозд", ЭМ "Гремящий", плавбаза "Волга", танкер, подводные лодки Северного флота - ПЛ Б-109 проекта 641, ПЛ Б-413 проекта 641 и ПЛАРК К-135 проекта 675. Как сообщалось в официальных сообщениях, визит был вызван необходимостью пополнения запасов топлива, продовольствия и выполнения ремонтных работ;

1970 год - 1971 год
Прошла ремонт;

1971 год 10 декабря - 1972 год 24 июня
Выполнила задач БС в Средиземном море в составе 69-й БрПЛ 4-й ЭскПЛ КСФ;

1973 год 15 сентября - 1974 год 8 октября
Выполнила задачи БС (командир - кап.2р. Трусов А.Н.) в Средиземном море в составе 69-й БрПЛ 4-й ЭскПЛ КСФ совместно с Б-31, Б-105, Б-130, Б-409 и Б-440;

1975 год - 1977 год
Выполняла задачи боевой службы и боевой подготовки в оперативной зоне Северного флота;

1976 год
По итогам года была признана лучшим кораблем 4-й эскадры подводных лодок Северного флота;

1977 год 1 марта - 4 мая
Выполнила задач БС (командир - кап.2р. Погорелов Б.Н.) в Баренцевом и Норвежском морях. Длительность похода составила 66 дней;

1977 год
Выполнла задачи БС в Норвежском и Баренцевом морях. По окончании БС перешла в г.Кронштадт;

1977 год 10 ноября - 1980 год 9 июня
На КМОЛЗ в Кронштадте прошла капитальный ремонт. На время ремонта входила в состав 10-го ДнРПЛ ЛенВМБ;

1980 год
Перечислена в состав 161-й БрПЛ 4-й ЭскПЛ КСФ с базированием на г.Полярный;

1980 год июль
Приняла участие в морском параде в Кольском заливе, в ходе которого выполнила маневр погружения на перископную глубину без хода, оставаясь при этом на якоре. По окончании парада была ошвартована к пирсу в губе Ваенга для посещения ПЛ гражданским населением;

1980 год 8 - 11 сентября
При выполнении учебной атаки (командир - кап.3р. Жаренов М.И.) по ОБК выполнила стрельбу залпом торпедами 53-65К. Обе торпеды наводились на главную цель и повредили винто-рулевой комплекс крейсера "Мурманск". В середине сентября ПЛ опять проводила торпедные стрельбы для подтверждения обоснованности представления к присвоению приза ГК ВМФ. Стрельба вновь прошла на "отлично", но приз был вручен ПЛ С-296;

1980 год октябрь
Приняла участие в учениях (командир - кап.3р. Жаренов М.И.) по прорыву сквозь поисковый отряд противолодочных кораблей с применением торпедного оружия в условиях, максимально приближенных к боевым. Эти учения показали, что ПЛ проекта 641 с подготовленным экипажем способна преодолеть мощную противолодочную оборону противника;

1980 год ноябрь
Объявлена лучшей среди дизельных ПЛ по торпедной подготовки в ВМФ;

1980 год декабрь
Получила необычное правительственное задание - защитить честь Советской судостроительной промышленности. Дело в том, что подводные лодки проекта 641 пользовались большой популярностью на мировом рынке вооружения. Правительство Ливии выставило претензии к СССР за, якобы, некачественные винты кораблей данного проекта. Для разрешения конфликта командованием ВМФ СССР была выделена ПЛ Б-413. На ее борт поднялись представители государственной комиссии, по указанию которой командир задавал различные режимы работы энергетической установки на различных глубинах и скоростях. По возвращению в базу на лодке создавали дифферент на нос, чтобы визуально осмотреть состояние винтов. Работа в таком интенсивном режиме продолжалась несколько дней, пока государственная комиссия не убедилась в высоком качестве винтов. По результатам этих испытаний претензии Ливии были отвергнуты;

1981 год (предположительно)
Перечислена в состав 69-й БрПЛ 4-й ЭскПЛ КСФ с базированием на г.Полярный;

1981 год январь
Приняла участие во флотских учениях по противодействию иностранным подводным лодкам в Баренцевом море;

1981 год май - июнь
Прошла докование в п.Росляково;

1981 год 6 - 13 июля
В составе бригады ПЛ приняла участие (командир - кап.2р. Жаренов М.И.) в оперативном командно-штабном учении на тему: "Завоевание господства в Баренцевом и Норвежском морях в интересах оперативного развертывания сил флота и обеспечения боевой устойчивости РПК СН". Подводные лодки бригады выполнили боевое упражнение по атаке отряда боевых кораблей "противника". По результатам учений все ПЛ бригады получили оценку "отлично", а по итогам года 69-я БрПЛ была награждена переходящим призом ГК ВМФ "За отличную торпедную стрельбу";

1981 год 5 сентября
В результате невязки в 1,5 мили и неисправности эхолота, ПЛ задела неизвестный предмет под водой и аварийно всплыла. В этом районе было затонувшее судно. Повреждена ГАС;

1982 год (предположительно)
Перечислена в состав 161-й БрПЛ 4-й ЭскПЛ КСФ с базированием на г.Полярный;

1982 год 1 июля - 1983 год 7 марта
Выполнила задачи БС в Средиземном море;

1983 год октябрь - 1984 год май
Находилась в ремонте в п.Тиват (СФРЮ);

1984 год май - июнь
Выполнила программу ходовых испытаний и сдачу задач;

1984 год 5 июля - 30 октября
Выполнила задачи БС в Средиземном море;

1985 год 8 декабря - 1986 год 10 сентября
Выполнила задачи БС в Средиземном море. Входила в оперативное подчинение командованию 5-й ОпЭск ВМФ. Для межпоходового ремонта и кратковременного отдыха личного состава заходила в порты Ливана, Туниса и Сирии. Приняла участие в учениях по торпедным стрельбам, проводимых 5-й ОпЭск ВМФ. В качестве корабля-цели выступал ТАКР "Киев". Экипаж ПЛ успешно справился с поставленными задачами. Выпущенные торпеды прошли под корпусом крейсера, таким образом экипаж ПЛ в очередной раз подтвердил высокое звание "отличного корабля";

1987 год
Приступила к выполнению задач БС в Средиземном море;

1987 год
Заняла первое место на Северном флоте по минным постановкам, объявлена приказом командующего Северным флотом "Отличным кораблем";

1987 год
Находилась в ремонте в порту г.Тиват (Югославия). За несколько месяцев ремонта экипаж потерял боеготовность и для продолжения боевой службы в Средиземном море был прислан 132-й резервный экипаж (командир - кап.2р. Струговец Ф.Е.) 161-й БрПЛ. После 8,5 месяцев БС в апреле 1988 года вернулась в Полярное;

1988 год май - июнь
В 35-м СРЗ (п.Роста) прошла межпоходовый доковый ремонт;

1988 год 15 июня - 13 декабря
Выполнила задачи БС в Средиземном море и Атлантике (командир - кап.3р. Фёдоров А.А.). Общая продолжительность похода - 181 сутки. По другим данным вернулась в базу в апреле 1989 года;

1990 год лето
Переведена по ББК из Белого в Балтийское море (командир - кап.3р. Сорокин А.Ф.);

1990 год 19 июля
Перечислена в состав ДКБФ. Вошла состав 22-й БрПЛ 14-й ЭскПЛ ДКБФ с базированием на на г.Лиепая (после вывода из Латвии - переформирована в составе 22-й ОБрПЛ и перебазирована в г.Кронштадт;

1992 год
Находилась в ремонте на СРЗ-29 (последней из российских ПЛ);

1993 год
Не завершив ремонт, под буксирами покинула Лиепаю и перешла в Кронштадт;

1993 год 23 декабря
Перечислена в состав ЛенВМБ. Вошла в состав 25-й БрПЛ 4-й УДиК ЛенВМБ с базированием на г.Кронштадт;

1999 год
Расформирован экипаж. ПЛ выведена из боевого состава ВМФ и передана в ОРВИ. Принято решение передать ПЛ Музею мирового океана. В сентябре прибыла в г.Балтийск В конце года прибыла в г.Калининград;

1999 год 25 декабря - 2000 год 30 мая
Прошла на СРЗ "Янтарь" ремонт, конвертовку и переоборудования под музей;

2000 год 14 июня
Отшвартовалась у музейного причала в г.Калининград;

2000 год 1 июля
Торжественная передача подводной лодки Балтийским флотом Музею Мирового океана;

2000 год 2 июля
Открыта для посетителей как музей. На ПЛ действовала выставка "Из истории российского подводного флота";

2012 год 11 мая
Отбуксирована на Светловский судоремонтный завод. На ремонт Министерство культуры России выделило 12 миллионов рублей. Специалисты осмотрели и очистили корпус. Должна была вернуться на место стоянки через месяц;

2012 год июль
Возвращена на место стоянки и открыта для посещения;

2016 год
Продолжала работать для посетителей как экспонат Музея Мирового океана.