1954 год 1 февраля
Зачислена в списки кораблей ВМФ;

1954 год 30 марта
Заложена на эллинге судостроительном заводе №199 им. Ленинского комсомола в г.Комсомольск-на-Амуре как средняя подводная лодка. Экипаж вошел в состав 80-й БрСК ТОФ;

1954 год 19 сентября
Спущена на воду;

1954 год 31 декабря
Вступила в строй;

1955 год 15 января
Зачислена в состав ТОФ;

1955 год 26 января
Вошла в состав 124-й БрПЛ 40-й ДиПЛ ТОФ с базированием на бухту Улисс (г.Владивосток);

1956 год 7 ноября
В составе бригады перебазирована на бухту Конюшкова залива Стрелок;

1957 год - 1959 год
Проходила модернизацию и ремонт на "Дальзаводе" (г.Владивосток). На время ремонта входила в состав 52-го ДнУСРПЛ 4-й ОУБрПЛ. По окончании ремонта возвращена в состав 124-й БрПЛ 40-й ДиПЛ (с 13.07.1961 - 6-я ЭскПЛ) ТОФ;

1959 год август
Вышла в глубоководный район для проверки корпуса при погружении на рабочую глубину. Погружение обеспечивал корабль-контролер - ПЛ С-150. ПЛ С-331 при погружении задерживалась на всех глубинах, кратных 25-30 метрам, экипаж осматривал забортную арматуру, докладывал обстановку и погружался дальше. Подводная лодка-контролер удерживалась на дальности акустической связи. Все проходило в штатном режиме. Но на последней испытательной глубине 170 метров ПЛ сигнала не дала. Далее произошло то, отчего у наблюдавших с лодки-контролера волосы стали дыбом: внезапно на поверхность моря свечой вылетела ПЛ С-331, в воздухе был весь корпус ПЛ с 1-го по 6-й отсек (а это - 60-65 метров), и только 7-й отсек, кормовые рули и винты остались в воде. Такой же свечой ПЛ ушла под воду и снова взмыла вверх (уже по пятый отсек), погрузилась полусвечой, потом появилась на поверхности (по рубку), затем повалилась на борт, выпрямилась и закачалась на поверхности моря. На мостике появились люди. ПЛ С-150 приблизилась на голосовую связь и запросила: "Нужна ли помощь? Нужна ли буксировка?". С аварийной подводной лодки ответили семафором: "Лодка обесточена, запускаем дизель на винт-генератор, дойдем самостоятельно". После чего обе ПЛ своим ходом направились в в базу. По воспоминаниям старшего помошника ПЛ С-331 Луцкого А.: "Погружение шло по плану. Как мне и положено, я стоял под отдраенным нижним рубочным люком и наблюдал за арматурой боевой рубки, охватив руками вертикальный трап. И вдруг на глубине 170 метров по ушам, как кнутом, ударил резкий свист, мгновенно появился непроглядный туман. Лодку рвануло вверх, меня бросило грудью на вертикальный трап, и я от удара временно «вырубился». Но перед этим успел запомнить жест командира: «Продувать балласт!» Никаких голосовых команд не было, да это и бесполезно. Дальше ничего не помню, кроме того, что мои ноги рвануло вверх, Очнулся, когда меня снова рвануло вниз и я оказался в вертикальном положении. Как выяснилось впоследствии: вырвало сальник одного из клапанов колонки воздуха низкого давления, расположенной на подволоке. Это наше счастье, что вырвало сальник, а не весь шток клапана. Водяная струя толщиной в палец на такой глубине способна пробить тело человека. При аварийном продувании балласта подводная лодка рванулась носом вверх, до броскового нарастания дифферента почти до 90°. В ямах был разлит весь электролит батарей, сработала аварийная защита, погас свет... Весь личный состав посыпался к переборкам. Но, как потом выяснилось, искалеченных не было. Всякие сейфы, ящики и переносные приборы были надежно принайтовлены по-походному, это спасло многих от увечий. Словом, сказалась высокая организация экипажа";

1959 год осень ?
Выполнила задачи дальнего похода в Тихий океан;

1961 год ноябрь - 1963 год
На заводе № 892 ("Дальзавод") в г.Владивосток прошла ремонт и модернизацию по проекту 613В. На время ремонта входила в состав 4-й ОБрПЛ ТОФ;

1963 год
В составе группы с ПЛ С-140, С-263 и С-365 прибыла в бухту Нагаева (г.Магадан) и вошла в состав 171-й ОБрПЛ ТОФ;

1965 год
Выполнила задачи боевой службы в районе о-ва Гуам;

1966 год
При переходе (командир - Светловский Л.В.) на Камчатку села на мель при заходе в Авачинскую бухту. Происшествие произошло при проходе узкой части входного канала в Авачинскую губу в условиях пониженной видимости и сильного бокового ветра. ПЛ отклонилась от створа и села на каменистый грунт. Поставлена на ремонт в бухте Сельдевой;

1967 год
Находилась в ремонте в бухте Сельдевой;

1971 год
Выполнила задачи боевой службы (командир - кап.2р. Тарасов А.) в течении 30 суток;

1971 год
Участвовала в учениях "Восход";

1972 год август
Прибыла в п.Советская Гавань на ремонт в док;

1972 год ноябрь
После ремонта вернулась на свою базу в бухту Нагаева (г.Магадан);

1972 год - 1973 год
Зимовку провела в бухте Нагаева (г.Магадан);

1973 год лето
Заступила в боевое дежурство в бухте Нагаева (г.Магадан);

1973 год - 1974 год
Зимовку провела на Камчатке. Во время зимовки прошла докование и ремонт в бухте Ильичева (п.Завойко);

1974 год весна
Окончила ремонт;

1974 год май
В конце месяца совершила переход с Камчатки на базу в бухту Нагаева (г.Магадан);

1976 год 21 июня
Выведена из боевого состава, переформирована в УТС (по проекту УТС613 не перестраивалась) и в бухте Нагаева (г.Магадан) поставлена на прикол;

1976 год 13 августа
Переименована в УТС-410;

1979 год 30 января
Исключена из списков судов ВМФ в связи со сдачей в ОФИ для демонтажа и реализации;

1979 год 1 марта
Расформирован экипаж;

1979 год весна
После безуспешной попытки поднять корпус ПЛ на берег для переоборудования в береговой УТК, оставлена на отмели в районе Марчеканской дамбы, частично вытащенная на берег;

1979 год лето
Во время шторма по большой воде ПЛ стащило с берега. Двумя бульдозерами ПЛ по отливу снова вытянули на берег в том же месте. Там же была частично разделана на металл;

1995 год
Корпус ПЛ был разделан на метал частной компанией на отмели в районе торгового порта в бухте Нагаева (г.Магадан, район Каменного карьера возле пожарной части).