1953 год 24 ноября
Заложена на эллинге судостроительного завода № 444 им. А.Марти в г.Николаев как средняя подводная лодка;

1953 год 4 декабря
Зачислена в списки кораблей ВМФ. Экипаж временно подчинен 139-му ДнСПЛ ЧФ;

1954 год 27 июня
Спущена на воду;

1954 год лето
Переведена на сдаточную базу завода в г.Севастополь для прохождения сдаточных испытаний, экипаж временно подчинен 180-й БрУСПЛ ЧФ;

1954 год 31 октября
Вступила в строй;

1954 год 10 октября
Включена в состав ЧФ. Вошла в состав 151-й БрПЛ 21-й ДиПЛ ПС ЧФ с базированием на Балаклавскую бухту;

1955 год
В октябре на должность командира рулевой группы штурманской боевой части назначен лейтенант Джемс Ллойдович Паттерсон (ребенком снимался в фильме "Цирк" - известный всему СССР негритенок);

1956 год
Перечислена в состав 155-й ОБрПЛ ПС ЧФ с прежним местом базирования;

1965 год
По информации от членов экипажа срочной службы, в 60-х годах (до 1965 года) ПЛ использовалась как танкер для заправки гидросамолетов, но затем во время ремонта все оборудование было демонтировано, а топливные цистерны стали использоваться как балластные;

1965 год 23 октября - 1966 год июль
Совместно с ПЛ С-97 выполнила задачи боевой службы (командир - кап.2р. Сибилёв М.А.) на Средиземном море с задачей поиска и слежения за атомными ракетными подводными лодками противника. После 25-ти суток БС пришвартовались к крейсеру "Свердлов" в миле от г.Эс-Саллум. После 3-х суток отдыха начала переход в г.Лиепая (Латвийская ССР). В общей сложности была в море 51 сутки. Зиму провела в ремонте на заводе (на Балтике экипаж отдыхал 15 суток в доме отдыха ДКБФ в г.Пярну). В мае начала переход на Средиземное море. 05-10.06.1966 совершила деловой заход в Сплит (СФРЮ) вместе с ПЛ С-97, ТН "Фиолент", БРК "Гневный" и БПК "Отважный". В течении 25-ти суток выполнила задачи БС на Средиземном море. После возвращения в Севастополь экипаж отдыхал 15 суток в доме отдыха КЧФ в г.Геленджик;

1966 год
Перечислена в состав 153-й БрПЛ ПС (с 30.06.1967 - 153-й БрПЛ 14-й ДиПЛ) КЧФ с базированием на Южную бухту г.Севастополь;

1966 год осень
Полтора месяца работала с наукой в районе Поти - Сухуми;

1967 год
Выполнила задачи БС на Черном море в районе Босфора в течении 33-х суток. После похода экипаж отдыхал 10-ть суток в Ялте;

1967 год
Завоевала Приз ГК ВМФ по поиску и атаке подводной лодки во взаимодействии с противолодочной авиацией совместно с ПЛ С-147;

1967 год
Объявлена лучшей ПЛ на КЧФ;

1968 лето
Участвовала в показе техники слушателям Военно-морской академии и академий ВС СССР;

1969 год
Завоевала Приз ГК ВМФ по поиску и атаке подводной лодки во взаимодействии с противолодочной авиацией совместно с ПЛ С-97 и С-147;

1970 год
Выполнила задачи боевой службы (командир - кап.2р. Сибилёв М.А.) на Средиземном море. Находилась в районе конфликта в Египте (Объединённая Арабская Республика) в период ведения там боевых действий. В апреле осуществила заход в порт Александрия (ОАР) с визитом;

1970 год июль - октябрь
На СРЗ-29 "Тосмаре" в г.Лиепая (Латвийская ССР) прошла средний ремонт, затем продолжила выполнение задач боевой службы;

1972 год
Заняла второе место на первенстве ВМФ по поиску и атаке подводной лодки в составе разнородных противолодочных сил флота совместно с ПЛ С-74 и С-100;

1972 год октябрь
Комсомольская организация ПЛ С-96 (командир - А.Балашов) была награждена памятным Красным знаменем ЦК ЛКСМ Украины;

1973 год
Прошла ремонт в Лиепае;

1973 год ноябрь - декабрь
Осуществила совместно с ПЛ С-100 переход с Балтийского на Черное море. Вполнила задачи боевой службы (командир - Балашов А.) на Средиземном море. В ноябре - декабре находилась в районе конфликта в Египте (Объединённая Арабская Республика) в период ведения там боевых действий. В декабре после ПЛ С-100 прошла ППР в Мерса-Матрух. Возвратилась в Балаклаву;

1974 год
Стала лучшей на КЧФ по поиску и атаке лодки "противника";

1976 год - 1978 год осень
Прошла средний ремонт на "Севморзаводе" им. С.Орджоникидзе в г.Севастополь;

1980 год апрель
Находилась в боевом дежурстве;

1981 год октябрь
В ходе инспекции Министерства обороны поступила вводная по расконсервации ПЛ С-243 и пересадке на неё перволинейного экипажа с ПЛ С-96. На выполнение задачи отводилось пять суток. Экипаж ПЛ С-96 под командованием кап.2р. Иванкина И. работал фактически круглосуточно, был проявлен настоящий героизм личным составом, который задачу выполнил, и ПЛ С-243 вышла в море на пятые сутки;

1981 год
Стала лучшей на КЧФ по торпедной атаке морской цели;

1982 год апрель
Обеспечивала (командир - кап.2р. Иванкин И., старший на борту - заместителем командира 153-й БрПЛ кап.1р. Евстафьев А.) противолодочную подготовку сил ВМФ СРР. В отработке с румынской стороны принимали участие 2 МПК и 2 морских охотника. Помощник старшего представителя штаба Объединённых Вооружённых Сил государств - участников Варшавского Договора выразил благодарность личному составу ПЛ за высокую боевую выучку;

1985 год
Находилась на консервации;

1985 год 27 апреля - 1986 год 25 июля
Прошла расконсервацию и ремонт, который был выполнен силами личного состава и судоремонтных мастерских бригады;

1987 год
Вошла в боевой состав после расконсервации и ремонта;

1989 год апрель
Участвовала в учениях по оказанию помощи аварийной ПЛ. Эпизодом учения по оказанию помощи аварийной ПЛ в надводном положении явилась высадка десантно-спасательных групп в районе повреждённой лодки (ее роль выполняла ПЛ С-96) с вертолётов Ми-14пс без парашютным способом с полёта на высоте 6-8 метров. Были также отработаны эпизоды борьбы с пожаром и водой, подача на лодку средств борьбы за живучесть, массовое спасение личного состава и фактическая буксировка ПЛ. В учении участвовали 5 самолётов, 4 вертолёта, 4 спасательных судна и 2 боевых корабля. Руководил учением заместитель командующего флотом по боевой подготовке - начальник управления боевой подготовки флота контр-адмирал Алексеев С. Руководитель учений по их итогам сделал вывод, что учебные цели достигнуты и поставил оценку "отлично";

1989 год 25 апреля
Исключена из состава ВМФ в связи со сдачей в ОФИ для демонтажа и реализации. Поставлена на отстой в составе 131-го ОДнПЛ с базированием на г.Одесса;

1989 год 1 ноября
Расформирован экипаж;

1991 год
Отправлена для разделки на металл в Турцию (скорее всего) или на Севастопольскую базу "Главвторчермета" в пос.Инкерман.