2016 год сентябрь
Подписан контракт на строительство серии из шести подводных лодок проекта 06363 для Тихоокеанского флота;

2019 год 1 ноября
Заложена на ОАО "Адмиралтейские Верфи" в г.Санкт-Петербург для ТОФ ВМФ России как большая дизельная ПЛ Б-602 по проекту 06363. Получила наименование "Магадан";

2019 год - 2021 год
Находилась на ОАО "Адмиралтейские Верфи" в стадии строительства с планируемым сроком сдачи в 2021 году;

2021 год 2 марта
Корабль закончен на 80%, идут работы по установке резино-технического спецпокрытия. Как телеканалу «Санкт-Петербург» рассказали в пресс-службе судостроительного предприятия, спуск намечен на конец марта;

2021 год 26 марта
В торжественной обстановке спущена на воду;

2021 год 20 апреля
Начались швартовные испытания. Испытания продлятся около двух месяцев и завершатся в начале июня. Как сообщает пресс-служба завода, за это время специалисты заводских подразделений и подрядных организаций проверят навигационную систему корабля, комплекс связи, общекорабельные системы, гидроакустический комплекс, системы управления, комплексы торпедно-ракетного вооружения. После окончания швартовных испытаний корабль отправится на заводские ходовые испытания, завершение которых запланировано ко Дню Военно-Морского Флота;

2021 год 23 июня
Будет передана ВМФ РФ в ноябре текущего года. Об этом 23 июня рассказал генеральный директор предприятия Александр Бузаков во время Международного военно-морского салона (МВМС-2021);

2021 год 2 августа
"Адмиралтейские верфи" завершили заводские ходовые испытания ПЛ "Магадан". По данным представителей завода, в ближних полигонах Балтийского флота ПЛ выполнила задачи вывески и кренования. Члены сдаточной команды провели измерения уровня шума, замеры магнитных полей ПЛ. В дальних полигонах ПЛ прошла скоростные, маневренные и глубоководные испытания. Специалисты предприятия проверили гидроакустический комплекс, комплексы радиолокации и связи, энергетическую установку и системы обеспечения жизнедеятельности подводной лодки;

2021 год 16 августа
Приступила к государственным испытаниям. Пресс-служба АО «Адмиралтейские верфи» отмечает, что в течение недели специалисты предприятия проверят работу всех корабельных устройств, механизмов и оборудования, в том числе гидроакустического и навигационного комплексов;

2021 год 27 августа
Завершила государственные испытания. По данным ОСК, ПЛ успешно выполнила глубоководное погружение, а специалисты предприятия проверили работу всех корабельных устройств, механизмов и оборудования, в том числе гидроакустического и навигационного комплексов;

2021 год 5 октября
Состоялось подписание Государственной комиссией Приемного акта о завершении испытаний ПЛ;

2021 год 12 октября
На АО «Адмиралтейские верфи» прошла торжественная церемония передачи ПЛ в состав Военно-морского флота РФ. Зачитан приказ Главкома ВМФ России адмирала Николая Евменова о приеме подводной лодки в состав ВМФ. Поднят Военно-морской флаг;

2022 год июль
Приняла участие в подготовке и проведении Главного Военно-морского Парада в г.Кронштадт;

2022 год 9 октября
Завершила межфлотский переход с Балтийского флота на Тихоокеанский Северным морским путём, преодолев более девяти тысяч морских миль. Прибыла в г.Владивосток в состав 19-й БрПЛ ПрФлРС ТОФ;

2022 год 25 ноября
Провела пуски ракет "Калибр" из подводного положения по морской и береговой целям, сообщили в Минобороны России. Удары наносились по мишеням из акватории Японского моря. Перед выполнением боевых упражнений ПЛ скрытно вошла в заданный район. "Первой ракетой успешно поражена морская цель — щит-мишень, имитирующий надводный корабль условного противника. Вторая ракета в расчетное время поразила береговую цель на тактическом поле Сюркум в Хабаровском крае. Дальность стрельбы составила более тысячи километров", — уточнили в военном ведомстве. Выполнение ракетной стрельбы обеспечивали корабли и суда Тихоокеанского флота, самолеты и беспилотники морской авиации;

2023 год 30 июля
Приняла участие в морском параде в честь Дня ВМФ в Амурском заливе (г.Владивосток);

2024 год 22 сентября
Во Владивостоке состоялась торжественная церемония встречи экипажа ПЛ "Магадан" (командир - кап.2р. Сциборовский Е.), завершившего боевую службу в Японском море;

2025 год 6 февраля
Экипаж в акватории Авачинского залива на Камчатке выполнил глубоководное погружение на 240 метров. ПЛ обеспечивали корвет "Гремящий" и спасательное судно "Георгий Козьмин";

2025 год 30 апреля
Во Владивостоке состоялась торжественная церемония встречи экипажа ПЛ "Магадан" (командир - кап.2р. Куликов Д.), завершившего боевую службу. Экипаж ПЛ «Магадан» вышел из пункта базирования в декабре 2024 года. Корабль выполнял задачи в море, с пополнением запасов в пунктах базирования флота. Общая продолжительность нахождения в подводном положении составила более 3-х тысяч морских миль.;

2025 год 21 июля
Спасательное судно «Игорь Белоусов» аварийно-спасательного отряда ТОФ провело учение вблизи побережья Приморья по спасению экипажа условно аварийной ПЛ «Магадан». По замыслу маневров, на борту ПЛ произошла авария, и лодка легла на грунт на глубине 80 м в заливе Петра Великого, сообщила пресс-служба ТОФ. По тревоге спасательное судно «Иван Белоусов» в сопровождении буксира выдвинулось в район поиск и при помощи автономного необитаемого аппарата «Пантера» подводная лодка была обнаружена. Следующий этап спасательных работ был проведен с использованием автономного аппарата АС-40. Сначала он подал на борт ПЛ «Магадан» «воздух, технические жидкости и электропитание». Затем аппарат пристыковался к комингс-площадке ПЛ. «После чего были открыты люки и выполнен практический вывод части экипажа сухим способом из корпуса лодки на борт автономного аппарата с дальнейшим подъёмом подводников на борт спасательного судна»,— говорится в сообщении;

2025 год 7 - 10 августа
Отряд кораблей Тихоокеанского флота совершил заход в порт Магадан в ходе проведения патриотической акции «Сила в правде-2025». В состав отряда вошли большой противолодочный корабль «Адмирал Пантелеев», большой десантный корабль «Ослябя», корвет «Совершенный», дизель-электрическая подводная лодка «Магадан» и спасательный буксир «Алатау». Корабли пробудут в Магадане до 10 августа, после чего продолжат свой маршрут по дальневосточным регионам. Следующими пунктами назначения станут города Петропавловск-Камчатский и Анадырь, пгт Провидения, Северо-Курильск, Курильск, Южно-Курильск и город Корсаков;

2025 год
Находилась в боевом составе ВМФ России, входила в состав 19-й БрПЛ ПрФлРС ТОФ с базированием на бухту Малый Улисс (г.Владивосток).